Προστατευόμενα είδη

Αργυροπελεκάνος (Pelecanus crispus)
Στα νησάκια των λιμνοθαλασσών φωλιάζουν ομαδικά περίπου 70 ζευγάρια από το μεγαλύτερο υδρόβιο πουλί του κόσμου που μπορεί να πετάξει.

Βαλτόπαπια (Aytha nyroca)
Ο "κόκκινος καλαϊτζής", όπως λέγεται στον Αμβρακικό, συχνάζει σε λιμνούλες και πλημμυρισμένα λιβάδια δίπλα σε μεγάλους καλαμιώνες.

Ήταυρος (Botaurus stellaris)
Ο μυθικός ήταυρος είναι ένα σπάνιο είδος ερωδιού. Στους απέραντους καλαμιώνες του Αμβρακικού τεκμηριώθηκε για πρώτη φορά ότι ο ήταυρος φωλιάζει στην Ελλάδα.

Κραυγαετός (Aquila pomarina)
Ένα-δυο ζευγάρια κραυγαετών έρχονται από την Αφρική κάθε καλοκαίρι και φωλιάζουν στους δασωμένους λόφους γύρω από τους υγρότοπους του Αμβρακικού.

Λαγγόνα (Phalacrocorax pygmeus)
Οι αποξηράνσεις ελών μείωσαν πολύ τις λαγγόνες. Σήμερα, ελάχιστες διαχειμάζουν στον Αμβρακικό.

Στικατετός (Aquila clanga)
Είναι ένας από τους πιο σπάνιους αετούς στην Ευρώπη και την Ελλάδα. Περίπου 8-10 στικταετοί περνούν το χειμώνα στον Αμβρακικό, καθισμένοι σε μοναχικά δέντρα ή ψάχνοντας για άρρωστα και πληγωμένα υδρόβια πουλιά.

Χελώνα Καρέτα (Caretta caretta)
Τις ανοιξιάτικες μέρες νηνεμίας μπορεί κάποιος να δει χελώνα Καρέτα να βγάζει στην επιφάνεια της θάλασσας το μεγάλο κεφάλι της για να αναπνεύσει, κοντά σε κάποια παραλία του Αμβρακικού.